长治学院跟长治医学院是不一样的两所学校，长治学院是综合性院校，而长治医学院是医学类院校，只不过都位于山西长治。长治学院1958年晋东南师范专科学校创建，成为上党地区唯一一所高等师范专科学校。

后来与山西师范大学联合办学，2004年，中华人民共和国教育部教发函:"同意晋东南师范专科学校升格为普通本科学校，校名定为长治学院，同时撤销原晋东南师范专科学校建制。而长治医学院创建于1946年，前身是“晋冀鲁豫白求恩国际和平医院总院”开办的“护士学校”。

建校以来学校几易其名，1958年为“晋东南医学专科学校”，1986年升格为本科院校，更名“长治医学院”。

1996年首批通过原国家教委组织的本科教学工作合格评价；2004年学院通过国家教育部本科教学工作水平评估。2012经国务院学位委员会批准成为临床医学专业一级学科硕士学位研究生培养单位。