毕节职业技术学院目前共设有11个系，分别是：

1. 机电工程系

该系培养的专业主要包括机械设计制造及其自动化、数控技术、机电一体化技术等。

2. 信息工程系

信息工程系培养的专业涵盖计算机应用技术、网络工程技术、软件技术等领域。

3. 经济管理系

经济管理系开设的专业包括会计、市场营销、人力资源管理等方向。

4. 商贸系

商贸系主要培养贸易实务、国际商务、物流管理等相关专业人才。

5. 护理系

护理系致力于培养具备护理技能和医疗服务能力的护理专业人才。

6. 医学系

医学系开设的专业包括医学检验技术、临床医学等相关方向。

7. 艺术系

艺术系主要培养音乐、舞蹈、美术等艺术类专业人才。

8. 建筑系

建筑系培养建筑设计、建筑工程技术等相关专业人才。

9. 交通运输系

交通运输系主要涵盖交通运输管理、物流管理等专业方向。

10. 图书情报系

图书情报系培养图书情报管理、档案管理等专业人才。

11. 外语系

外语系开设英语、日语等语言专业课程。